Цукерберг поможет учёным из Петербурга, «расшифровавшим» COVID
Биоинформатики из Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ (ЦАБ) получили грант от Фонда Марка Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST. Как сообщает пресс-служба университета, петербургские специалисты стали первыми российскими учёными, получившими этот грант. Деньги будут направлены на поддержку программ с открытым исходным кодом (open source), необходимых для биомедицинских исследований.
Работа с геномами
Программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler) восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то есть фактически расшифровывает генетический код. Как сообщают в пресс-службе СПбГУ, она используется тысячами специалистов в области геномики по всему миру. В пандемию команда ЦАБ разработала несколько новых модулей SPAdes. Это metaviralSPAdes для поиска геномов вирусов в сложных природных сообществах (благодаря чему недавно было найдено 600 новых вирусов) и coronaSPAdes, который учитывает уникальные особенности строения геномов коронавирусов и данных их секвенирования. Разработки 2020 года позволили ученым быстрее и удобнее «работать» с геномом COVID-19, отличным от геномов других коронавирусов, и эффективно следить за возникающими в нем мутациями. Прогресс сборщиков геномов ЦАБ способствует более тщательному анализу геномов вирусов и тем самым — созданию новых и совершенствованию существующих тест-систем и вакцин.
Вторая программа ЦАБа — QUAST (Quality Assessment Tool) — определяет качество геномных сборок. Как поясняют в СПбГУ, две программы SPAdes и QUAST связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных — сборка данных — оценка качества сборки — научный анализ.
Некоммерческое использование
В разговоре с РБК Петербург заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус отметила, что все программы ЦАБа имеют открытый исходный код, что открывает доступ к ним всем желающим. При этом для работы программ их необходимо технически поддерживать, однако компаниям невыгодно финансировать эту поддержку — заработать на использовании открытых кодов невозможно.
«Техническая поддержка проекта на данном этапе идёт практически на голом энтузиазме сотрудников ЦАБа. Полученный грант пойдёт на техническую поддержку программ», — сказала Лапидус. По её словам, сумма гранта составляет около 150 тыс. долларов. Точная сумма гранта будет известна после подписания соглашения.
Справка
«Инициатива Чан — Цукерберга» (Chan Zuckerberg Initiative) — благотворительный фонд создателя Facebook Марка Цукерберга и его супруги Присциллы Чан, основанный в 2015 году. Его целью является помощь в решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и повышение качества образования.
Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» была создана в СПбГУ в конце 2014 года для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. В 2020 году команда ЦАБа была отмечена проектом РБК Петербург «Герой Года» за создание в кратчайшие сроки ряда важных программ для расшифровки геномов вирусов.
Читайте РБК в MAX! Самые важные новости, только проверенная информация.
Уиткофф рассказал об итогах первого дня переговоров Москвы и Киева
Швеция назвала Россию главной угрозой
Акционеры крупнейшего логистического оператора запустят «русскую рулетку»
Экзарх объяснил резкий рост числа приходов РПЦ в Африке
Глава А1 предсказал возвращение западного бизнеса в Россию через 3–5 лет
NYT рассказала о прозвище «Уиткофф и Зятькофф» для переговорщиков США
